新华医院小儿外科是国家教育部985和211儿科学重点建设项目之一，也是全国唯一的卫生部小儿结石病诊疗中心，是上海市临床医学中心建设项目(2002-2007年)。经多年建设，2012年入选上海市临床医学中心重中之重（A类）学科建设项目。小儿外科拥有床位204张，医师 56 人，主任医师13名，副研究员3名，副主任医师 14名。本学科现有博士生导师6人，硕士生导师10人。

学科现有普外、新生儿、肿瘤、泌尿、神经、骨科、心胸外科等专业，都有独立病区，在诊疗规模和诊疗技术上处于国内领先水平。小儿微创外科和小儿骨科是上海交通大学医学院小儿微创诊治中心及髋关节发育不良和脱位诊治中心。通过引进和培养相结合的原则，形成了结构较合理的亚专科人才梯队，中青年骨干实力，潜力巨大。近年来本学科在临床治疗技术上已形成如下特色：1. 危重儿围手术期营养支持技术，该技术开展与推广已有25年，获得国家科技进步二等奖和上海市科学技术一等奖，尤其在新生儿短肠综合征的治疗方面有所突破；2. 新生儿先天性畸形早期干预，在国内率先提出产房外科治疗概念、开展产房外科手术；3.建立了多学科参与的儿童实体肿瘤个体化综合治疗模式，是国内儿童实体肿瘤的临床诊治中心之一；4. 规范并推广小儿微创技术在各亚专业的应用，是国内腔镜手术应用范围最广的单位之一；5. 建立了儿童泌尿系统结石微创处理体系,在儿童泌尿系统结石领域具有重要影响；6. 系统性建立了发育性髋关节发育不良和脱位的早期筛查、早期诊断、早期干预的诊治体系；7.复杂先心病的早期诊断和治疗。未来五年本学科将以上述方向为重点建设目标争取成为国内领先，部分项目国际先进。成为医疗服务辐射更广，质量更高，人才队伍齐全，特色鲜明的重点专科

2014年3月小儿外科大楼正式启用，使小儿外科整体医疗环境有了长足的进步，求医范围来自全国各省市及部分海外患儿，占求医人数的60%-70%。

本学科共承担973、863、卫生部十二五重大攻关项目子课题，国家自然科学基金等国家级项目10项，省部级项目8项，荣获国家科技进步二等奖 1项，省部级奖7项。发表论著127篇，SCI论文28篇，主编教材1部，专著4部，获得15项专利。本学科学术影响力不断扩大，每年主办全国性会议1次 ,论坛、研讨会5次,举办8项国家级继续教育学习班，接收全国进修26人次/年，来自于全国十多个省市自治区。